Monje cartujo, bienhechor de T y muy venerado por ésta. Nació en Sevilla hacia 1489/1490, oriundo de la familia abulense de los Pantojas. Como abulense lo calificará la Santa: ‘era de Avila, de los Pantojas’ (F 25,9). Ingresó en la Cartuja de Santa María de las Cuevas (Triana, Sevilla) a los 18 años, e hizo su profesión en 1519. Desempeñó altos cargos: prior de las Cartujas de Aniago (Valladolid) y de Cazalla de la Sierra (Sevilla), sucesivamente Visitador de Cataluña y posteriormente de las Cartujas de Castilla (1568). El año anterior (1567) fue elegido prior de la Cartuja de Santa María de las Cuevas, de Sevilla, cargo que ocupó hasta 1580 (cta 347,9), año en que ‘fue absuelto en acto de visita por su mucha edad, que pasaba de 80 años’ (eran ya 90!). La Santa lo suele llamar ‘el santo viejo’, ‘grandísimo siervo de Dios’, ‘santo prior’ (F 25,9.12), o más cariñosamente ‘mi santo prior’, ‘mi buen prior’, ‘el mi santo prior’, ‘nuestro buen prior’ (ctas 114,3; 127,4; 137,2; 175,9…); ‘es mucho lo que quiero a ese santo’, en carta a la priora de Sevilla (237,6).
Los dos se conocieron en Sevilla con ocasión de la fundación de aquel Carmelo, a la que Pantoja colaboró intensamente (F 25), ayudándola luego con sus limosnas (cta 319,11). Queda constancia documenal de algunos de sus obsequios (BMC 6,250). A él recurrió la Santa por mediador cuando el Carmelo hispalense sufrió la fatídica visita de Cárdenas y la destitución de la madre priora, María de san José (cta 283). Ya antes el ‘santo prior’ había solicitado de la Santa un ejemplar manuscrito del Camino de Perfección,que ella accede a enviarle cuanto antes (cta 190,4, de abril de 1577). Por esos años medió entre ambos intenso carteo (ctas 175,11; 178,1; 222,4; 248,8…). Teresa siente de veras los achaques del ‘santo prior’ tras la penosa caída que ocasionó su cese en el priorato (‘el prior de las Cuevas está muy al cabo, de una caída que le dio’, escribe ella a Lorenzo: 332,6, febrero de 1580). Con todo, sobrevivió a la propia Santa, pues falleció el 21.11.1582. ‘Vivió el padre don Fernando Pantoja en la orden 63 años, y más de los 30 fue prior en las casas referidas , y muchos de ellos visitador’ (cf BMC 6,250, nota).