Sacerdote y escritor, oriundo de Toledo, residente en Segovia. Hermano del famoso lexicógrafo Sebastián de Covarrubias y Leyva, y sobrino del obispo de Segovia Diego de Covarrubias y Leyva (1565-1577), que lo ordenó de sacerdote en 1573. Al año siguiente (1574), siendo canónigo de la catedral segoviana, se encontró con la Madre Teresa, en la fundación del Carmelo de esta ciudad (F 21,10), y el mismo día en que se erigió la minúscula iglesia pidió celebrar en ella la misa, afrontando las iras del Provisor diocesano, que lo sorprendió durante la celebración y que, en ausencia del obispo don Diego, ‘no consintió decir más misa y quería llevar preso a quien la había dicho’ (ib). Don Juan ayudó de corazón a la santa fundadora, y en 1586 colaboró eficazmente en la fundación del convento de religiosos carmelitas de la ciudad. Entabló amistad con fray Juan de la Cruz. Fue escritor prolífico, especialmente en argumentos de simbología bíblica. Arcediano de Cuéllar y posteriormente obispo de Agrigento (Sicilia), 1594-1605, de donde fue trasladado a la diócesis de Guadix y Baza, 1606-1610. Depuso a favor de la beatificación de la M. Teresa en 1606. En su libro ‘Tratado de la verdadera y falsa profecía’ (Segovia 1588) hace el elogio de la vida mística y del carisma profético de la Santa: era el mismo año en que las Obras de ésta habían sido editadas por fray Luis de León. Tiene, por tanto, el mérito de ser uno de los primeros teólogos que dan a la luz pública un escrito a favor de la Santa y que la cite expresamente: ‘En lo que trato del particular don de profecía y revelaciones pudiera aquí decir algo de lo que en sus libros dejó escrito la Madre Teresa…, mas es a tiempo que se acaban de publicar’ (cap. 8, p. 24). Ya en 1578, don Juan se había hecho gran amigo de Lorenzo de Cepeda (cta 239,9). Falleció el 23.6.1610.
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